Trys klausimai J. Craigui Venteriui

Genomo mokslininkas ir verslininkas J. Craigas Venteris yra geriausiai žinomas kaip pirmasis asmuo, kuris 2001 m. sutvarkė savo genomą.

Šiais metais jis įkūrė naują įmonę „Human Longevity“, kuri iki 2020 m. ketina suskirstyti milijoną žmogaus genomų ir galiausiai pasiūlyti žiniatinklio programas, padedančias žmonėms saugoti ir suprasti savo genetinius duomenis (žr. „Mikrobai ir metabolitai skatina ambicingą senėjimo projektą“). .

J. Craigas Venteris

Venteris sako, kad iki šiol jis susekvenavo 500 žmonių genomų ir kad savanoriams taip pat pradedama atlikti daugybę testų, kurių metu nustatoma jų jėga, smegenų dydis, kiek kraujo pumpuoja jų širdis ir, anot Venterio, beveik viskas, ką galima išmatuoti. asmuo, jų neatplėšęs. Ši informacija bus įtraukta į duomenų bazę, kuri gali būti naudojama genų ir šių požymių sąsajoms bei ligoms atrasti.

Tačiau tam reikės didžiulio duomenų gavimo. Norėdamas įgyti šių įgūdžių, Venteris įdarbino Franz Och , mašininio mokymosi specialistas, vadovaujantis „Google“ vertėjui. Dabar Och taikys panašius metodus tirdamas genomus duomenų mokslo ir programinės įrangos parduotuvėje, kurią Venter steigia Mountain View mieste, Kalifornijoje.

Nuoma ateina kaip tik tada, kai pati „Google“ pradėjo panašiai skambančias pastangas pradėti rinkti biomedicininius duomenis (žr. „Ko vertas šių dienų mėnulio šūvis“). Venteris „Google“ planus sukurti biomedicinos duomenų bazę vadina kūdikio žingsniu, daug mažesne to, ką darome, versija.

Akivaizdu, kad genomo tyrimai ir duomenų mokslas susilieja naujais būdais ir daug didesniu mastu nei bet kada anksčiau. Mes paklausėme Venterio, kodėl.

Kaip mums sekasi genomikos srityje?

Mano nuomone, nebuvo padaryta daug pažangos. Viena iš priežasčių yra ta, kad genomika vadovaujasi labai didelių skaičių dėsniu. Aš turiu savo genomą 15 metų ir nelabai galiu išmokti, nes nėra tiek daug kitų, su kuriais galėčiau jį palyginti.

Kodėl pasamdėte mašininio vertimo ekspertą kaip pagrindinį duomenų mokslininką?

Iki šiol nebuvo programinės įrangos, leidžiančios palyginti mano genomą su jūsų genomu, juo labiau su milijonu genomų. Norime pasiekti tašką, kai prireikia kelių sekundžių, kad palygintume jūsų genomą su visais kitais. Norint tai padaryti, reikės daug dirbti.

„Google“ vertėjas pradėjo veikti kaip lėtas algoritmas, kuriam paleisti prireikė valandų ar dienų ir kuris nebuvo labai tikslus. Tačiau Franzas [Ochas] sukūrė mašininio mokymosi versiją, kuri galėtų patekti į internetą ir rasti kiekvieną straipsnį, išverstą iš vokiečių į anglų arba atvirkščiai, ir pasimokyti iš jų. Tada jis buvo optimizuotas, todėl veikia per milisekundes.

Aš įtikinau Franzą ir jis įtikino save, kad suprasti žmogaus genomą tokiu mastu, kokiu mes stengiamės tai padaryti, bus vienas didžiausių vertimo iššūkių istorijoje.

Kaip atrasti ryšį tarp genų ir ligų panašu į kalbų vertimą?

Viskas ląstelėje kyla iš jūsų DNR kodo, visų baltymų, jų struktūros, nesvarbu, ar jie trunka sekundes, ar dienas. Visa tai iš anksto užprogramuota DNR kalba. Tada tai paverčiama gyvenimu. Žmonės bus labai nustebinti, kiek mes esame DNR programinės įrangos rūšis.

paslėpti